科學(xué)家利用基因組測序揭示了一種耐藥性胃腸道細(xì)菌在醫(yī)院內(nèi)的傳播程度，突顯了醫(yī)院在控制感染方面面臨的挑戰(zhàn)。糞腸球菌是常見于胃腸道中的一種細(xì)菌，通常存在于其中而不會(huì)引起宿主問題。但是，在免疫功能低下的患者中，它可能導(dǎo)致威脅生命的感染。

在過去的三十年中，出現(xiàn)了對(duì)包括氨芐青霉素和萬古霉素在內(nèi)的一線抗生素具有耐藥性的菌株，限制了治療選擇，尤其令人擔(dān)憂的是，這些菌株通常是在醫(yī)院獲得的糞腸球菌感染中發(fā)現(xiàn)的。

劍橋大學(xué)和倫敦衛(wèi)生與熱帶醫(yī)學(xué)學(xué)院的一組科學(xué)家率先采用了一種將流行病學(xué)和基因組信息相結(jié)合的方法，以繪制細(xì)菌在醫(yī)療機(jī)構(gòu)中的傳播情況。這有助于醫(yī)院識(shí)別感染源并告知感染控制措施。

在發(fā)表于《自然微生物學(xué)》上的一項(xiàng)研究中，研究小組將該技術(shù)應(yīng)用于耐藥性大腸埃希菌在醫(yī)院中的傳播。

劍橋大學(xué)醫(yī)學(xué)系的Theodore Gouliouris博士是該研究的第一作者，他說：“二十多年來，我們已經(jīng)知道醫(yī)院的患者可以感染并傳播耐藥的糞腸球菌。它的傳播要求我們了解細(xì)菌在哪里-它的“水庫”-以及如何傳播。

“迄今為止，大多數(shù)研究都依賴于從樣品中培養(yǎng)細(xì)菌。但是，正如我們已經(jīng)表明的那樣，全基因組測序-查看細(xì)菌的DNA-結(jié)合詳細(xì)的患者和環(huán)境采樣可以是幫助我們繪制其細(xì)菌圖的強(qiáng)大工具。傳播并提供預(yù)防進(jìn)一步爆發(fā)的方法。”

該團(tuán)隊(duì)追蹤了六個(gè)月內(nèi)入院至劍橋大學(xué)醫(yī)院NHS基金會(huì)信托基金Addenbrooke醫(yī)院的149名血液學(xué)患者。他們從患者的糞便樣本和醫(yī)院環(huán)境的拭子中取樣，并進(jìn)行糞便大腸桿菌培養(yǎng)。

細(xì)菌的基因組分析在鑒定醫(yī)院獲得的糞便中更為有效：在101名可以接受隨訪的患者中，基因組分析確定三分之二的患者患有糞便，而僅使用培養(yǎng)方法的患者不到一半。

從醫(yī)院環(huán)境中抽取的拭子中近一半(48%)對(duì)耐萬古霉素的糞腸球菌呈陽性。其中包括36%的醫(yī)療設(shè)備，76%的非接觸區(qū)域(如通風(fēng)孔)，41%的床位和68%的公共浴室。